Klængur biskup Þorsteinsson (1152–1176) reisti nýja kirkju af grunni. Á tveimur skipum komu út stórviðir þeir er Klængur lét höggva í Noregi til kirkju þeirrar sem hann lét gjöra í Skálholti, er að öllu var vönduð fram yfir hvert hús annað, þeirra sem gert var á Íslandi, bæði að viðum og smíði. Þessari kirkju þjónaði Þorlákur helgi Þorláksson á árunum 1178–1193.
Klængskirkja brann 1309 þegar eldingu laust í stöpulinn.
