Lítil timburkirkja var byggð á hluta hins forna kirkjugrunns Skálholts á árunum 1851–1852.
Í einkaeigu
Í vísitasíugjörð frá 1862 segir: „… kirkjan í Skálholti er prívateign. Hún á ekkert í jörðu og engin kúgildi. Rekaítök þau öll og ítök þau sem hún áður hefur átt, eru nú öll frá henni seld.“
Óvissa um framtíð
Þegar Ólafsvallaprestakall var lagt niður með prestakallaskipuninni frá 1907, lagðist Skálholtsprstakall aftur undir Torfastaði. Sama ár lætur prófastur þess getið við vísitasíu í Skálholti að hann „telji þessa kirkju óþarfa og rétt sé að skipta henni upp á milli næstu sókna en sökum fornhelgi staðarins virðist þó að þar ætti að vera kapella sem landssjóður helst ætti“.
Þessi óvissa um framtíð kirkjunnar varð til þess að eigendur hennar sinntu lítt viðhaldi hennar. Í vísitasíugjörð prófasts 1910 er þetta bókað:
Kirkjan er fornleg orðin, krosslaus, altaristöflulaus, óvegleg að flestu og yfirleitt ekki samboðin kirkju, síst á þessum stað […] Á safnaðarfundi 1908 var fallist á að leggja sóknina niður, sér í lagi ef þetta gæti fengið framgang eins og lagt var til við síðustu vísitasíu.
Skálholtskirkja verði endurreist
Næsta ár eru sóknarmenn komnir á aðra skoðun. í biskupsvísitasíu það ár segir:
Viðstaddir sóknarnefndarmenn (Þorfinnur Þórarinsson, Víglundur Helgason) og hreppstjóri Tómas Guðbrandsson í Auðsholti, lýsti (svo) yfir því, að alls enginn hugur sé í söfnuðinum í þá átt að hann leysist upp og sóknin skiptist á milli nágrannasókna, heldur óski hann hins að Skálholtskirkja sé endurreist og henni sýndur allur mögulegur sómi í byggingu og prestþjónustu.
Þetta óvænta viðnám sóknarfólksins virðist hafa orðið til þess að Skálholti var bjargað sem kirkjustað. Söfnuðurinn var ekki leystur upp og hin hrörlega sóknarkirkja stóð áfram, misjafnlega messufær, á þeim fornhelga grunni þar sem allar kirkjur Skálholts hafa staðið, uns hún fjörtíu árum síðar vék fyrir nýrri og veglegri kirkju, Skálholtsdómkirkju sem nú stendur.
