Skálholtsstóll og -skóli var hvort tveggja lagt niður með konungsbréfi 1785. Skálholtskirkja varð nú útkirkja, fyrst frá Torfastöðum í Biskupstungum, síðar frá Ólafsvöllum á Skeiðum og enn síðar frá Torfastöðum aftur. Í fyrrnefndu konungsbréfi var fyrirskipað að selja stólseignirnar hæstbjóðanda og keypti Hannes biskup Finnsson Skálholt með öllum gögnum þess og gæðum, þar með talda dómkirkjuna gömlu.
Eftir lát Hannesar 1796 bjó ekkja hans frú Valgerður Jónsdóttir áfram í Skálholti. Á árunum 1802–1804 lét hún gera kirkjuna upp, „bæði af gömlum viðum úr hinni fornu dómkirkju og nýjum“, eins og komist er að orði prófastsvísitasíu frá 1805. Hinir nýju viðir voru 150 borð sem þakið var bætt með. Viðgerðin virðist að öðru leyti hafa verið fólgin í því að rífa útbrot og turn. Við það breytti kirkjan um útlit en virðist þó hafa haldið reisn sinni ef dæma skal af þeirri einu mynd sem til er af henni frá þessum tíma. En örlög hinnar öldnu kirkju urðu ekki umflúin. Í vísitasíu biskups frá árinu 1848 er kirkja talin svo „stórgölluð að varla er messufær í misjöfnu veðri. Eru bæði bitar og borð fúin og rifin svo út sér en kirkjan sjálf, svo niðursokkin að stafirnir liggja undir skemmdum. Mætti þó mikið brúka af stórviðum kirkjunnar, þá hún er byggð aftur.“
Kirkju Brynjólfs biskups hefur vissulega ekki verið fisjað saman og gæti vafalaust staðið enn í dag ef rækt hefði verið við hana lögð. Hún var látin víkja fyrir svokallaðri Valgerðarkirkju, sem var miklu minni en Brynjólfskirkja, í upphafi 19. aldar.
